Na twee jaar komt er plots weer beweging in de kwestie rond de herderlijke brief. De katholieke Gentse krant Le Bien Public publiceert op 18 maart 1861 op de voorpagina een artikel getiteld ‘Curieuze revélation’. Een ontevreden voormalige journalist van de Journal de Gand, Louis Seghers, heeft in een brief aan de redactie van de katholieke krant Nouvelliste zijn frustraties geuit over het feit dat hij tussen hamer en aambeeld is terechtgekomen in een discussie tussen de Nouvelliste en de Journal. Hij weerlegt een hele reeks van beschuldigingen van vervalsing die tegen hem zijn ingebracht en vermeldt daarbij, bovenaan de lijst, dat niet hij maar substituut Adolphe Dubois de auteur was van de valse herderlijke brief. De brief komt ook op het bureau van de ultramontaanse hoofdredacteur van Le Bien Public, Guillaume Verspeyen, terecht, die deze scoop niet kan laten liggen.
Een dag later, op 19 maart, herpubliceert Le Bien Public het integrale artikel dat in 1859 in de Journal de Gand verscheen, samen met een vlammende commentaar én de brief die Dubois op 17 maart geschreven heeft naar de redactie van de Journal de Gand. Daarin zet hij zijn beweegredenen om het artikel destijds te schrijven nog maar eens op een rijtje. Dubois besluit die brief met ‘Si dans vingt années, un écrivain prend la plume, pour écrire la lutte du clergé contre l’enseignement de l’Etat, il dira en toute vérité: le clergé a agi comme s’il avait reçu le mot d’ordre pour diffamer l’enseignement de l’Etat et ne tenir nul compte de la corruption existant dans ses propres établissements.’
De verontwaardiging aan katholieke zijde is groot. Het feit dat men indertijd in het ootje is genomen is één zaak, het feit dat de desbetreffende auteur intussen al meer dan twee jaar doodgemoedereerd aan de slag is als substituut van de procureur des Konings, blijkt alle grenzen te overschrijden. Er start een dagelijkse perscampagne tegen Dubois en de toon wordt steeds bitsiger, de gemoederen raken opgezweept, niet het minst omdat ook het parlement zich gaat moeien.
Op 19 maart 1861 legt Barthélemy Dumortier uit Roeselare de zaak voor aan de Kamer van Volksvertegenwoordigers en eist maatregelen. Een dag later volgt Jules d’Anethan in de Senaat en interpelleert de liberale minister van Justitie Victor Tesch, die cryptisch meldt dat hij ‘remplira son devoir’. Dubois, die de bui wel ziet hangen, neemt intussen echter ontslag als substituut en Tesch, ervan beschuldigd om Dubois te steunen in naam van de persvrijheid door hem enkel een berisping te geven, aanvaardt zijn ontslag op 25 maart.
De liberale steun voor ‘le cardinal’ zoals Dubois intussen in liberale middens wordt genoemd, is niet min en lokt opnieuw controverse uit. Op initiatief van Charles Pickaert en burgemeester Charles de Kerchove, keurt de Gentse gemeenteraad op 27 maart unaniem - met uitzondering van François Hebbelynck - een motie ter ondersteuning van Dubois goed. Voor Le Bien Public is dit uiteraard gefundenes Fressen. Op 29 maart volgt een eerste veroordeling van de misplaatste steun en op 30 maart wordt diepgaand gezocht naar een manier om Dubois strafrechtelijk te vervolgen.
Hiervoor grijpt de krant terug naar het toenmalig art. 204 van het strafwetboek. Dit is op zich ook een heel boeiende piste, aangezien de desbetreffende sectie (‘S.3 – Des troubles apportées à l’ordre publique par les Ministres des Cultes dans l’exercice de leur ministère - §.3 – Des critiques, censures ou provocations dirigées contre l’Autorité public dans un écrit Pastorale’) geschreven werd om opruiing door religieuzen via herderlijke brieven strafbaar te stellen… Het spreekt voor zich dat deze piste een doodgeboren kind was. De andere katholieke kranten volgen en de zaak Dubois wordt een nationaal schandaal. Onder meer de Beurzen-Courant, de Nouvelliste, l’Universel, de Journal de Bruxelles, de Gazette de Liège, de Journal d’Anvers en Le Patrie uit Brugge houden in de daaropvolgende dagen het nieuws warm, waarop ook in het parlement de katholieke fractie opnieuw in een furie schiet.
Boegbeeld (en latere eerste minister) Jules d’Anethan eist op 9 april een veroordeling van de motie maar Walthère Frère-Orban heeft het zowat gehad met de katholieke furie. Frère-Orban maakt duidelijk dat de Gentse gemeenteraad enkel ‘un témoignage d’estime à l’un de ses membres que l’on avait traité de faussaire et de malhonnête homme au sein de la législature’ had willen geven, een blijk van respect voor een raadslid dat onheus behandeld werd in het parlement, en vroeg zich af of de Senaat echt niets beters te doen had. De katholieke fractie komt er op 2 mei nog één keer op terug maar krijgt nu het andere liberale boegbeeld Charles Rogier tegenover zich. De zaak wordt hierna als gesloten beschouwd.
In Gent wordt nog een poging gedaan om Dubois als opvolger van de overleden Ferdinand Manilius tot volksvertegenwoordiger te laten kiezen. In een poll van de Liberale Associatie op 2 april haalt hij 13 stemmen op 15 tegen 9 voor Emile de Laveleye en 8 voor Auguste De Maere, en is dus afgetekend winnaar. Hij weigert echter zelf om kandidaat te zijn, het is genoeg geweest.